В 1958 году снова открылось Московское гомеопатическое общество. Председателем был избран В. И. Рыбак. Общество проводило клинические разборы больных, переиздавало классиков гомеопатии, подготавливало новых врачей-гомеопатов. Огромное значение в развитии гомеопатического метода сыграли такие врачи, как Н.М. Вавилова, С.А. Мухин, Т.М. Липницкий, В.И. Варшавский. Их работа отличалась высоким профессионализмом, эффективностью в лечении тяжелых заболеваний. Эти люди написали книги по гомеопатии, воспитали многих учеников, продолживших традиции своих учителей. Книги Н.М.Вавиловой, Т.М. Варшавского и Т.М. Липницкого до сих пор являются учебниками для врачей-гомеопатов.
Органы здравоохранения неоднократно старались закрыть гомеопатические поликлиники и кабинеты. Для этого были организованы эксперименты, сравнивавшие эффективность гомеопатического метода и общепризнанных методов лечения. С 1937 по 1875 год было проведено четыре таких эксперимента. Эксперименты, как правило, проводились на базе клиник официальной медицины, нередко профессора и лица, ответственные за эксперимент, были настроены негативно. И только благодаря очевидным результатам лечения и объективности людей, участвовавших в эксперименте, удалось сохранить возможность использования метода в Москве и других городах СССР. Период с 1968 по 1974 можно считать одним из самых тяжелых для гомеопатии в России.
В 1968 году был введен печально известный приказ № 610, который запрещал преподавать гомеопатию, издавать гомеопатическую литературу, было закрыто гомеопатическое общество в Москве и запрещено использование ряда гомеопатических препаратов.
В 1975 году по приказу министра здравоохранения снова был проведен эксперимент, по изучению эффективности гомеопатического метода в восьми клиниках города Москвы. И снова высокий профессионализм врачей помог отстоять метод. На Украине развитие метода стало возможным благодаря активной работе династии врачей-гомеопатов Поповых. Д.В.Попов и его дочь Т.Д.Попова организовали гомеопатическую помощь в Киеве, а в дальнейшем и на всей территории Украины.