Этот факт произвел на него большое впечатление. Его философский склад ума привел его к заключению, что хина является наилучшим лекарством для малярии, так как сама может вызвать такую же картину. Далее Ганеманн обратил внимание и на другие лекарства и снова отметил то, что их использование происходит на основе того же принципа подобия. Так белладонна издавна применялась врачами для лечения мозговых нарушений, похожих на те, что вызывает сама белладонна. Заслуга Ганеманна состоит в том, что он пришел к выводу, что так следует поступать не в единичных случаях отдельных лекарств, а это следует делать со всеми лекарствами, и должно стать главным принципом выбора препарата.

В 1796 году Ганеманн опубликовал «Опыт нового принципа для нахождения целительных свойств лекарственных веществ». Это произведение впервые провозгласило принципы гомеопатии, и с тех пор гомеопатия стала использоваться в лечебной практике. Практическая работа привела Ганеманна к заключению, что больной организм более чувствителен к лекарствам, чем здоровый, и поэтому следующий важный принцип — это принцип малых доз. Гомеопатическая доза подбирается таким образом, что она оказывает только лечебное действие. Этим гомеопатия коренным образом отличается от обычной медицины, которая старается использовать лекарства в максимальных дозах, едва переносимых организмом. Это отравляет внутреннюю среду человека и порождает такие болезненные состояния, как аллергию. Гомеопатические препараты принципиально не могут вызывать аллергических состояний и более того являются главными средствами выбора для лечения подобных больных. Микродозы необходимы для того, чтобы отрегулировать работу тех систем и органов, которые находятся в состоянии дисбаланса.

Механизм работы микродоз легче понять, если мы вспомним о том, что человеческое тело содержит всю Периодическую Систему Менделеева и любой из элементов может быть в состоянии дисбаланса. Так, например, дисбаланс кальция приведет с одной стороны к хрупкости и ломкости костей, а с другой — в некоторых суставах мы сможем наблюдать известковые отложения и разрастания тканей.